مدل درشت دانه پروتئین ها با استفاده از مختصات تجمعی باقی مانده ها
Authors
abstract
بسیاری از پدیده های سلولی و بیومولکولی در مقیاس های طولی و زمانی بزرگ رخ می دهند که این امر شبیهسازی کامپیوتری آن ها را در مقیاس اتمی غیرممکن می سازد. ازاین رو، درشت دانهسازی به مثابه پلی برای کوتاه کردن فاصله در مقیاس طولی و زمانی بین یک پروسه بیولوژیکی و مدل اتمی آن مورد توجه قرارگرفته است. علاوه بر این، در بسیاری از حالت ها مشاهده می گردد که دینامیک یک سیستم بر حسب مختصات تجمعی بهتر بیان می گردد. لذا در این مطالعه یک روش درشت دانه سازی برای دینامیک پروتئینها با استفاده از مختصات تجمعی باقی مانده ها به جای مختصات اتمی معرفی می گردد. در این روش یک نگاشت معکوس پذیر مستقل از زمان برای ارتباط مختصات اولیه و مختصات مرکز جرم تعریف شده و سپس، فضای پیکربندی سیستم تبدیل یافته به درجات آزادی اصلی و وابسته تقسیم می گردد. با فرض اینکه درجات آزادی اصلی کندتر از درجات آزادی وابسته باشند، جابجایی این درجات آزادی نسبت به متغیر زمان بسط تیلور داده شده و نهایتاً این روش منجر به ایجاد ماتریس سختی، اصطکاک و جرم برای سیستم درشت دانه بر حسب مختصات تجمعی با قی مانده ها می شود. دو مختصات مرکز جرم و مرکز مقاومت هیدرودینامیکی باقیمانده ها به عنوان مختصات تجمعی در نظر گرفته شد. با اعمال این روش در مطالعه رفتار دینامیکی چند پروتئین نشان داده شد که این روش کارایی فوق العاده در پیشبینی مود و نرخ رهایش پروتئین ها دارد. همچنین نشان داده شد مختصات مرکز مقاومت هیدرودینامیکی گزینه مطلوب تری جهت انتخاب برای مختصات تجمعی می باشد.
similar resources
تعمیم هایی از آنتروپی باقی مانده تجمعی
آنتروپی یک معیار برای اندازه گیری عدم حتمیت متغیر تصادفی است که توسط شانون (1948) معرفی شده است. آنتروپی کاربرد فراوانی در علومی مانند اقتصاد، فیزیک، علوم کامپیوتر، ریاضیات و نظریه ارتباط دارد. آنتروپی شانون متغیر تصادفی x به صورت ((e(-ln f(x تعریف میشود، این معیار توسط رنی (1961)، ورما (1966) و تسالیس (1988) تعمیم داده شد. یک متغیر مهم در مباحث قابلیت اعتماد متغیر تصافی طول عمر باقیمانده است...
تعیین مؤلفه باقی¬مانده داده¬های گرانی¬سنجی با استفاده از روش مدل سازی نمودار احتمال
در این مقاله روش مدل‌سازی نمودار احتمال در برآورد مؤلفه باقیمانده داده‌های گرانی‌سنجی منطقه‌ای در جنوب غرب زاگرس، به کار رفته است. بر اساس تحلیل داده‌ها و تغییرپذیری روند مدل برازش شده بر نمودار احتمال، مؤلفه‌های ناحیه‌ای و باقیمانده از یکدیگر تفکیک شده‌اند. تقریب مرتبه اول، دوم و بهینه از مؤلفه باقیمانده داده‌ها بر اساس مرزهای متفاوت حاصل از مدل‌سازی نمودار احتمال ترسیم شده است. در نقشه‌ها...
full textتجزیه پایداری عملکرد دانه لاین ها و ارقام جو دیم با استفاده از مدل GGE biplot
این تحقیق به منظور بررسی پایداری عملکرد دانه و تعیین ژنوتیپ‌های پرمحصول و سازگار در قالب آزمایش‌های یکنواخت ناحیه ای جو، در ایستگاه‌های تحقیقاتی مناطق سردسیر و معتدل دیم شامل مراغه، سرارود، اردیبل، ارومیه، کردستان (قاملو) و زنجان انجام گرفت. در این بررسی تعداد 10 لاین جو به همراه دو رقم شاهد (محلی و آبیدر) در قالب طرح بلوک‌های کامل تصادفی در چهار تکرار طی سه سال زراعی (88-1385) مورد مطالعه و...
full textبررسی رابطه بین رشد سود و بازده سهام با استفاده از مدل سود باقی مانده در بورس اوراق بهادار تهران
موضوع اصلی این پژوهش بررسی رابطه بین رشد سود و بازده سهام با استفاده از مدل سود باقی مانده در شرکت‌های پذیرفته شده در بورس اوراق بهادار تهران است. در این پژوهش از مدل سود باقی مانده برای تفکیک رشد سود به رشد سرمایه به کار رفته و رشد سود باقی مانده و بررسی رابطه آن‌ها با بازده جاری و آتی سهام استفاده شده است. اطلاعات مورد نیاز برای دوره زمانی 1383 تا 1390 جمع آوری و برای آزمون فرضیه‌ها از ضریب...
full textMy Resources
Save resource for easier access later
Journal title:
مهندسی مکانیک مدرسجلد ۱۷، شماره ۲، صفحات ۴۱-۴۶
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023